蛹室を作っている画像を良く拝見させて頂きましたが、交換時期、菌床の状態、蛹室の位置から判断して、ガスによる事故の可能性がかなり大きいと思います。　
１．交換直後なので、幼虫が菌床を食っていなく菌糸に活力がある。
２．蛹室を作る場所を探すために活力のある菌糸を切断した。
３．ガスの溜まりやすい瓶上部に蛹室を作ってしまった。
結果、事故につながってしまった、と言うことが理由だと思われました。
菌糸に活力がある状態で瓶を交換すると、幼虫が切断した菌糸を再生しようと菌床が活動します。そのときに出るガスが幼虫を暴れさせたり、死亡させたりします。大きな幼虫を交換後は、交換後２週間くらいは蓋を取り、菌糸の再生活動が完全に終了するまでキッチンペーパー等を当てておくと解決できることが多いようです。
再生期間中に蛹室を作った場合は、羽化まで蓋をしない場合が私は多いです。
菌糸瓶飼育では、同じ容器の中で２つの生き物を育ていていると言うことを考えると色々な問題も解決することが出来ます（＾＾）